Село является центром Частоозерского района. Впервые Частоозерский район был образован в 1924 года в составе Ишимского округа Уральской области. В 1932 году он вошёл в состав образованной Челябинской области, а в 1943 году – в состав Курганской области. В 1963 году район упразднили, и его территория вошла в состав Петуховского района. В 1972 году Частоозерский район вновь восстановили, и он существует по сей день. По данным переписи 2010 года, в селе Частоозерье проживало всего лишь 2749 человек.