Начало первого срока Путина — «Новая газета» критикует власть, впереди громкие убийства журналистов Юрия Щекочихина, Анны Политковской и Натальи Эстемировой. Первым в этом списке станет Игорь Домников. Вечером 12 мая 2000 Домникова встретили в подъезде двое: один окликнул, второй нанёс несколько ударов молотком по затылку. Через два месяца 41-летний Домников умер, не приходя в сознание.

Убийство ошарашило коллектив «Новой газеты»: Домников, как и другие журналисты, писал критические статьи, но тексты журналиста толком не проясняли, кто мог стать заказчиком убийства. Впрочем, среди материалов Домникова выделялась серия статей о Липецкой Области: по заданию редакции журналист отправился в Липецк разобраться, как смена власти привела к превращению благополучного края в дотационный регион. В текстах Домников жёстко критиковал новых руководителей области — губернатора и его заместителя по экономической политике Сергея Доровского. Из текстов следовало, что при Доровском в области резко упали доходы и уровень жизни, а сам заместитель использовал служебное положение в корыстных целях — например, отремонтировал квартиру за казённый счет.

Убийство Домникова обещал взять на контроль министр внутренних дел, но раскрыли дело практически случайно. В 2003 в Нижнем Тагиле задержали членов «тагирьяновской» ОПГ — группировки, специализировавшейся на похищениях бизнесменов с целью получения выкупа и выбивании долгов по заказу. Один из членов группировки согласился сотрудничать со следствием: выяснилось, что на счету банды было более 20 убийств, в том числе и Домников. Заказчиком информатор назвал Доровского, который показал, что действительно хотел найти Домникова — чтобы объяснить журналисту, как нужно писать: «Я просто сказал: „Неплохо было бы, чтобы этот человек приехал в область“». Разговор, по словам Доровского, услышал его знакомый — бизнесмен Павел Сопот, который передал пожелание замгубернатора главарю ОПГ Эдуарду Тагирьянову, попросив «поработать» с Домниковым.

Участники группировки, которые по поручению Тагирьянова убили Домникова, получили пожизненные сроки. Ни Сопота, ни Доровского к ответственности не привлекли — по делу они проходили как свидетели. С 2007 редакция «Новой газеты» добивалась возбуждения дела против заказчика и организатора убийства. После убийства в 2009 адвоката Станислава Маркелова и журналистки «Новой газеты» Анастасии Бабуровой, Медведев поручил разобраться с нераскрытыми убийствами журналистов Следственному Комитету. Дело в отношении Сопота и Доровского возбудили после личного вмешательства председателя СК Александра Бастрыкина. В 2013 Сопота задержали — бизнесмена обвинили в умышленном причинении тяжкого вреда здоровью и приговорили к семи годам колонии. В 2015 следствие заявило, что подозревает Сергея Доровского — впервые ответственность мог понести реальный заказчик убийства -, но Доровский пропускал судебные заседания якобы по состоянию здоровья, а в мае, спустя 15 лет после убийства, дело и вовсе закрыли по истечению срока давности.

Доровский ушёл в отставку ещё в 2002, после этого занимался бизнесом — возглавлял мясоперерабатывающий завод и владел несколькими крупными предприятиями. 9 августа 2018 65-летний Доровский умер от сердечного приступа. После смерти Домникова убийства журналистов продолжались — большинство дел не раскрыты.