В 2006 году обвинил Геннадия Зюганова в том, что тот торговал местами в партийных списках КПРФ на парламентских выборах. Зюганов подал на Кагарлицкого в суд, после чего политолог со своей стороны подал встречный иск на Зюганова. По иску Кагарлицкого суд присудил Зюганову штраф в 500 рублей. Дело «Зюганов против Кагарлицкого» продолжалось более полутора лет и закончилось мировым соглашением, официальными извинениями Кагарлицкого. По мнению Дарьи Митиной, Кагарлицкий с тех пор «стал весьма условно-рукоподаваемой фигурой в российском и мировом левом движении».